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Diese Zeitreise setzt sich im Erdgeschoß-Westflügel mit dem lokal bedeutsamen Erdmittelalter fort - den "Vergangenen Lebensräumen Ostbayerns" aus Jura, Kreide und Tertiär, mit vielfachen fossilen Relikten aus ehemals reich belebten tropischen Meeren. Spezialthemen sind der berühmte Fundort Sengenthal, die "Regensburger Oberkreide", Spuren-
fossilien, die Eroberung des Luftraums. Besonderheiten sind ein gut erhaltener Unterkiefer eines Dinotheriums, eines gewaltigen Elefanten-Vorfahren aus dem Tertiär, der sich in den damals subtropischen Wäldern der Region vom Laub der Bäume ernährte, das ebenfalls fossil erhalten ist; außerdem pflanzliche und tierische Braunkohle-Fossilien, u.a. aus der Grube Dechbetten auf Regensburger Stadtgebiet. Aus derselben Epoche der Erdgeschichte zeigt ein Mikroskopiertisch Einschlüsse kleiner Insekten und Spinnen in Bernstein mit einer dreidimensionalen und erstaunlich lebendigen Fossilerhaltung.
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